Glavna je razlika funkcionalnost i postavljanje. Prijenosni POS uređaji svojom kompaktnošću omogućuju poduzetnicima prihvat kartičnog plaćanja bez fiksnog povezivanja s blagajnom i dodatnog hardvera. Za razliku od njih, stolni POS uređaji smješteni su na fiksnom prodajnom mjestu, osiguravajući stabilnu i sigurnu mogućnost obrade transakcija.
Dok prijenosni POS uređaji nude fleksibilnost, mobilnost i povoljne cijene, troškovi stolnog POS uređaja mogu uključivati dodatne troškove za postavljanje i održavanje.
Obje vrste uređaja mogu prihvaćati debitne kartice, pružajući poduzetnicima čitav niz mogućnosti za ispunjavanje različitih potreba i želja kupaca pri plaćanju.